Тут не надо обольщаться. В какой-то степени - да, не умел.
Он художник кватроченто, 15 век, огромное число открытий в живописи прошло мимо него. Про "Ракурс" же известно, что если Христа поставить вертикально, то руки, ноги и торс будут непропорциональны. Перспективу тогда только начали изучать, ни о какой проективной геометрии речь не шла, так что с формальной т.зр. - да, ошибки в рисунке.
Но ценность работы определяется далеко не только правильностью пропорций тел. Дионисий и Эль Греко плевать на это хотели - и были правы, в общем-то.