Потому что СМЕРШ, наравне с политорганами, занимался выявлением фактов, отрицательно влияющих на несение службы и выполнение заданий Родины, как-то: низкая требовтельность командиров, невыполнение требований уставов и инструкций, пьянка и аморалка :-) Если обычный оргвывод в виде строгача или занесения в персональное дело по партийной линии в принципе возможно было пережить и исправить, то по фактам, выявленным сотрудниками военной контрразведки наказание было жёстче и не только виновного, но и его начальство, зачастую не только непосредственное.
Пример: в роте обычного пехотного полка несколько рядовых принесли в расположение спиртное и устроив пьянку, попались на глаза командира. В обычном случае будет в самом худшем варианте - арест и строгач самому командиру, в хорошем варианте - отработка лопатой или строевой без официального хода дела. Однако в случае, если особист даст ход делу по свооей линии, то пострадает начальство полка, батальона и роты, и им не раз эта пьянка икнётся на совещаниях, собраниях и просто выволочках.
