Загранпаспорт - в сейфе не у начальника вроде, а в секретной части или в службе по защите гостайны. Здесь, как я понимаю, у граждан большие траблы при выезде на всероссийский курорт в Турцию и даже, например, в отпуск на родину (например в Прибалтику)
В случае с уже уволенными сотрудниками, если невыездной срок не был оговорен в трудовом договоре или контракте, то вся государственная система может курить в сторонке - любой суд разрешит выезд. Если срок все же был оговорен, то выезд до окончания срока тоже возможен - это зависит от заключения организации, где гражданин работал (служил). Даст организация положительное заключение - езжай дорогой товарисч пузо греть или работать за бугор.
Насколько я знаю подобный пункт в трудовой договор (контракт) стали включать года с 97-98.