Он скоропостижно скончался 25 ноября 1990 года в Москве, в аэропорту "Внуково", собираясь лететь домой, в Грузию. Инфаркт миокарда наступил после того, как в аэропорту у Мамардашвили произошел "идеологический" разговор с группой сторонников Звиада Гамсахурдиа, также летевших в Тбилиси. Этот разговор оказался последним из серии подобных, когда пришедшие к власти звиадисты развернули оголтелую кампанию травли ученого, обвиняя его в "русофилии", "космополитизме", в "советскости"... Его ум был непобедимо стоек, но сердце ученого не выдержало.