>Кто знает, может быть, 1000 лет назад "угро-финский субстрат" составлял только 20%, но его представители считались наиболее привлекательными в местной культуре и давали наибольшее потомство.
тут такое дело, ДНК Y-хромосом, о которых здесь речь зашла практически никаких фенотипических признаков не кодирует. Некоторые ближневосточные гаплогруппы вроде бы дают несколько повышенный процент мужского бесплодия, но с разрезом глаз, цветом глаз и волос, размерами тела точно связи нет. То есть естественный отбор здесь можно совсем отбросить (за исключением, может быть, упомянутых ближневосточных гаплогрупп) - имеет место чисто случайный процесс. А случайный процесс за ~50 поколений (~1000 лет) может серьезно поменять частоту признаков только в очень небольших популяциях, насчитывающих ~1000 человек. Если 1000 лет назад литовцев было уже ~100 тыс., и крупных миграций иноземцев на коренные литовские территории за этот период не произошло, то можно уверенно говорить что и 1000 лет назад соотношение частот основных гаплогрупп (т.е. R1a и N3) среди литовцев было примерно таким же, как и сегодня.