По словам Икрама Якубова, в 1998 году при поддержке официального Ташкента Махмуд Худойбердиев пытался свергнуть президента Таджикистана Эмомали Рахмона. Позже, как сказал Якубов, полковник Махмуд Худойбердиев активно участвовал в подавлении андижанской демонстрации, после чего заслужил особое расположение президента Ислама Каримова.
