Как ни странно, большой пласт таких документов, именно по крепостям - лежит в РГА ВМФ на Миллионной. Причем не только по береговым, но и по всяким Омскам, Тобольскам, где никога никакого моря не было. Как они туда попали - долгая история. Причем я бы советовал Вам именно с него и начинать, во-первых, билже чем РГВИА или РГАДА (и там, и там таких документов тоже полно), во-вторых коллекция там очень интересная, и почти не копаная. И ничем не уступает колекции РГВИА, а, возможно, и превосходит её. И работать гораздо удобнее, чем в РГВИА, например.