Идея в том, что шеф полка (по идее) должен взять на себя часть расходов. Кроме всего прочего, он дает балы и званые ужины для офицеров. Формально полком командовал именно назначенный полковник. Постепенно шефство стало просто почетным, хотя в любом случае шеф мог заступиться за "свой" полк или оказать другое содействие.
Особенно в наполеоновское время классическая система шефства была реализована в армии Гц. Варшавского - только там были не шефы, а полковники, которые по сути были шефами, не имели боевого опыта, но имели много денег, на которые и оснащали "свои" полки. А командовали ими в строю назначанные подполковники, имевшие боевой опыт.
Шефы имели тесную связь с офицерским корпусом "своих" частей и такие части были верны своим шефам в критических ситуациях. Посмотрите разделение русской гвардии в декабре 1825 - все части, где Николай был шефом, остались ему верны и послужили опорой.
Подробнее про гвардию см. http://www.genstab.ru/dec_main.htm