>Государство А (аннексант) аннексирует государство Б (аннексат).
>Чьи национальные власти и вооруженные силы действуют на территории Б.
Аннексия - это юридический акт. Предваряя очевидное двойное дно Вашего вопроса (который, как я надеюсь, Вы просто не смогли ясно сформулировать, а вовсе не добивались спровоцировать флейм), обращаю Ваше внимание на то, что субъекты международного права могут на тех или иных основаниях не признавать аннексию. Для тех, кто не признал аннексию, власти и вооруженные силы на территории Б являются, скорее всего, оккупационными властями и оккупационными войсками, соответственно. Хотя возможны варианты - например, США не признали аннексию Литвы Советским Союзом де-юре, но признали де-факто и не рассматривали власти ЛитССР и части ПрибВО как оккупационные - см. консульский режим, режим морских портов, договоры по вооружениям и пр. А вот с другой стороны страны ЕС считают израильские власти восточного Иерусалима оккупационными, не признавая аннексию этой территории.
Теперь непосредственно ответ на Ваш вопрос:
С момента осуществления аннексии территория аннексата Б становится равноправной частью территории А, такой же, как А1, А2, А3, А4 и т.д. Б становится Аn. Соответственно, на территории An действуют ее собственные А-ные власти и вооруженные силы. Конкретизирую на примерах:
Пример 1. А - Израиль, Б - восточный Иерусалим, аннексированный Израилем. На территории восточного Иерусалима действуют собственные израильские власти и вооруженные силы, свои собственные для иерусалимцев.
Пример 2. А - СССР, Б - Литва 1940-41 и 1944-1991. На территории Литвы, как и на территории 14 других Советских республик действуют национальные власти и вооруженные силы СССР, то есть свои собственные для литовцев.