>В "Цусимы" где-то в начале упоминается, что кораблем командует прапорщик. Разве такое может быть?
Капитаны небоевых кораблей (транспорты, буксиры, госпитальные) получали не флотские звания, а звания, сходные с армейскими, но с прибавлением "по Адмиралтейству". (Именовались "ластовые офицеры" - от названия одного из типов парусника; назову хотя бы отца адмирала Макарова). Такие же звания получали и офицеры береговой службы (причем понималось это расширительнее, чем в советское время - советский адмирал Крылов был при царе генерал-майором по адмиралтейству, хотя оставался кораблестроителем).
По-видимому, при зачислении на службу капитану судна присвоили первичное офицерское звание.