Явно и однозначно разница - в отсутствии у БПЛА носителя
и присутствие оного у КР. Да, возможны варианты для КР наземного базирования, но это скорее маргинальное оружие, одноцелевое (ПКР как вариант). У классической КР есть носитель, укомплектованный экипажем. У классического БПЛА его нет, она сам укомплектован удаленным экипажем. В этом смысле КР - оружие (weapon), а БПЛА - боевая система. Ну вот танк - боевая система, у которого есть оружие (пушка). Так и здесь. БПЛА способный исполнять профиль средства воздушного нападения, имеет оружие - либо ракеты\бомбы, либо собственно боевое зарядное отделение (в народе просто "заряд ВВ") - но это не делает его самого оружием, он остается боевой системой, системно или потенциально готовой к удаленному пилотированию.