Задача - обеспечить свободное сообщение Калининграда с остальными территориями России.
Путей ее решения остается два - воздушный и морской.
Воздушный - дорог, морской - требует капитальных вложений.
Средств на дотации и модернизацию портов у России нет.
Так что пошлины - не "гадость ЕС" а источник средств для решения проблем, которые ЕС нам сам и создает.
ЕС хочет безопасности? Пусть сам за нее и платит.