К началу 1943 года была закончена проработка конструкции ракеты и двигательной установки, но надежной системы наведения не было. Ее пришлось разрабатывать самостоятельно конструкторам Вассерфаля. В ее основе была система наведения по радиолучу. Наземный радиолокато засвечивал цель, а бортовое оборудование ракеты управляло рулями таким образом, чтобы продольная ось ракеты оставалась параллельна радиолучу. Однако немцам не удалось добиться надежной работы электроники, хотя сама идея была революционной.
В результате проведенных исследований принцип наведения пересмотрели, и вместо одного локатора наведения ввели два. Один засвечивал цель, второй - ракету. Оператор наведения видел на дисплее две отметки, которые стремился совместить с помощью ручек управления. Команды поступали в счетно-решающее устройство, шифровались и передавались по радио на борт ракеты. Бортовой приемник выполнял обратную процедуру, и команды подавались на управляющие рули. Позднее препринимались попытки оснащения ЗУР "Вассерфаль" пассивной инфракрасной системой, но дальше теоретических расчетов дело не пошло.