Слово из трёх букв - исконно славянское: Из праславянского *xujь, которое продолжает индоевропейское *ks-ou-j- со значением "шип, колючка, иголка". Корень *kes-/kos-/ks- "резать, протыкать". Ближайший родственник в русском - слово "хвоя". Такой же индоевропейский корень в русских словах коса, косить, час, чеснок и др.
Из-за табу на печать матерных слов, существовавшего в СССР, статья с этим словом была изъята из Этимологического словаря русского языка М. Фасмера. В 1981 году происхождение слова хуй было опубликовано в Этимологическом словаре славянских языков, Москва, "Наука", 1981, вып. 8, стр. 114. http://ru.wiktionary.org/wiki/%D1%85%D1%83%D0%B9