В 1987 году Басаев поступил в Московский институт инженеров землеустройства. Был отчислен в 1988 году за неуспеваемость / Во время учебы одним из преподавателей Басаева был известный в будущем политик и предприниматель Константин Боровой
Согласно одному из источников, с 1989 по 1991 год Басаев учился в Исламском институте в Стамбуле