>Во-первых, есть соображения секретности и допуска к гостайне.
Это вообще говоря решаемо. Но лучше решать через создание специальных "отделений" соотв. органов.
>Во-вторых, особенности дислокации: части армии или дивизии могут быть расположены в разных субъектах или вообще в разных фед. округах - и как тут распределять полномочия?
Из этих же соображений существует транспортная прокуратура и транспортная милиция. Для транспорта также характерно несоответствие его структур территориальным. Ну и "место преступления" (транспортное средство) может без особых проблем переместиться на тысячи километров, причем далеко не всегда понятно, где же оно было в момент собственно преступления.