Насчет 1944 г - скорее всего ошибка, видимо, путают с известным переходом ПЛ с ТОФ на СФ в 1942 г. Панамский канал они проходили 24.11.1942 г.
Насколько можно судить, последний раз корабли ВМФ СССР проходили через Панамский канал в 1946 г. - четыре тральщика типа MMS канадской постройки, полученные по ленд-лизу - Т-199, Т-200, Т-201 и Т-202. Приняты советскими экипажами в январе-марте 1946 г., вышли из Ванкувера 30.03.1946 г. и через Панамский канал, Атлантику, Средиземное и Черное моря прибыли в Севастополь 17.06.1946 г.