>Иван, у меня создалось впечатление, что слово "ниндзя" - боевиково-развлекательное, а "синоби" - реально-историческое. Типа популярного "вампир" vs. реального "вурдалак(вуркодлак)".
>А как на самом деле?
"синоби" - некая тайная деятельность вообще, диверсионная организация или отдельный лазутчик.
"ниндзя" есть "человек, принадлежащий к тайной диверсионной организации" по организации этого слова из иероглифов "нин"(он же "синоби" в кун-чтении) и "ся" (член, сотрудник, участник, боец отряда).
Разница в смысле, как видите, довольно тонкая, но это НЕ СИНОНИМЫ. Что касается словоприменительной практики, то, как всегда, в комиксах-манга предпочитают он-варианты, они "торжественнее" - отсюда именно ниндзя в комиксах, а затем и в международном обороте. Как видите, Ваши подозрения оправданы частично: "ниндзя" не имеет боевиково-развлекательного оттенка по смыслу сравнительно с "синоби", но именно оно употребляется в боевиках.