Ниже устья последнего крупного притока (Атбара), примерно в 300 км от Хартума, начинается Нубийская пустыня.
Здесь Нил делает большую излучину, прорезая плато, сложенное твёрдыми песчаниками (см. Гебель эс-Сильсила), и пересекает ряд порогов (катаракты). Всего между Хартумом и Асуаном насчитывается 6 порогов. Первый из них, ближайший к устью, находится в районе Асуана, к северу от Асуанской плотины.
Вплоть до 60-х годов XX века (то есть до возведения на территории Египта Высотной Асуанской плотины в 270 км от суданско-египетской границы) пороги представляли серьёзное препятствие для сплошного судоходства. В районе порогов круглогодичное плавание было возможно лишь на лодках. Для постоянного судоходства использовались участки между Хартумом и Джубой, Асуаном и Каиром, Каиром и устьем Нила.