универсальные вертикальные ПУ требовали при тогдашнем развитии техники слишком непозволительно большого простанства свободной палубы - а вы посмотрите на корабли тех лет и тех проектов СССР - у них они плотно забиты
ну и во вторых если мне не изменяется память ряд первых ракет чуть ли не с заправкой/сливом компонентом на борту корабля был - вот и пошли на барабан - как вы будете обслуживать в контейнерах ? а так провернули - обслужили
ну а дале - инерция мышления конструкторов и заказчиков, так принято ну пусть будет