>Мог ли быть командир тка или ска группы прорыва быть штрафником?
Командир лично не мог, т.к. направление в штрафники предполагало временное разжалование.
> Были ли штрафники среди экипажей этих катеров?
По косвенным данным можно предположить, что сущестовала практика "штрафных подразделений" - т.е. подразделений, сохраняющих свой состав, вооружение и структуру, но в порядке коллективного наказания, использовавшихся "для наиболее опасных заданий с целью искупления вины".