В Екатеринбурге есть специальный архив. http://uprarchives.midural.ru/article/show/id/135
В каких-то регионах есть Центры документации новейшей истории, куда передают эти дела, если специального учреждения нет, то тогда архив УФСБ или главный территориальный архив по субъекту.