Можно, конечно. Заглубление, обваловка, автоматические системы пожаротушения.
Только от прямого попадания это не спасёт.
Единственный вариант - организовать что-то типа «МТО в наступлении», что сведёт складское хозяйство в ЛДНР к минимуму. Но для этого надо нагнать больше сил и средств, ну и планировать, планировать и ещё раз планировать. Теоретически этому в Академии Хрулёва учат. Практически это никто не делал уже очень давно. Как бы не с ВОВ. Разве что Афганистан очень отдаленно.
>Подозреваю, что в СССР наверняка были какие то наработки.
В СССР были и наработки по защите от ЯО. Тут нужны метры железобетона (см. Защиту предвоенных УР).
Вот сабж - шахты дают хорошее укрытие, но нужно защитить оголовки с лифтами