В сознании это была столица, кроме того, в Москве короновались монархи, называлась она ПЕРВОПРЕСТОЛЬНАЯ СТОЛИЦА, ну и вообще крупнейший и важнейший город империи. А СПБ - местопребывание правительства, если угодно 8-)))
Да и на французских знаменах обр.1815 были столицы перечислены взятые. Москва в их числе.