Есть самое простое объяснение -- а с какой стати "Свобода" должна работать в РФ на особых условиях -- по указу президента? BBC, CNN и пр. и пр. -- все в Москве работают на общих основаниях (западники -- через аккредитации МИД, российские -- через Минпечати).
Представляю себе "указ президента об открытии в России газеты "Ведомости"... :-)
Так что все просто привели к нормальной ситуации -- пущай они в МИД идут и там аккредитацию получают. Так и в приведенной Вами заметке, кстати, говорится.
Но, конечно, доля "политики" в этом есть -- не фига выпедриваться. Но с юридической точки зрения не подкопаешься.