Добрый день!
Позволю себе сделать предположение. на момент создания "109" Мессершмидт являлся главой КБ, не входившей в состав Баварской авиафабрики (Баварише флюгцойгверке - отсюда Bf). Впоследствие его КБ слилось с авиастроительным предприятием, и была создана Мессершмидт флюгцойгверке - отсюда индекс Ме у всех последующих моделей. Но т.к. ряду авторов было недосуг разбираться, что ещё Bf, а что уже Ме, отсюда и путаница.