Насколько я помню срок службы считается исходя из календарных лет, а вот после окончания и выхода на пенсию ее размер исчисляется из количества льготных лет.
То есть через 8 лет на ТОФ у офицера будет 8 календарей и 8*N лет выслуги в льготном исчмслении, но на пенсию от выйдет когда у него будет не менее 20 календарей.
пенсия появляется после выслуги 20(кажется) лет. Соответсвенно всякие водолазные/северные/десантные и пр. засчитываются в этот срок. Т.е. Если скажем офицер до академии успел год во флоте зацепить, плюс 6 в академии, плюс 5 на СФ с коэффициентом 2.5(данные от балды), то к окончанию контракта у него будет выслуга 1+6+5*2,5=19,5, если он еще прыгал нырял, то вполне может и 20 набрать и получить пенсию (правда небольшую).
Но... есть ряд льгот которые считаются исходя из календарей. В первыю очередь это квартирный вопрос, ну и с пенсией там тоже есть варианты.