>А не вызывает ли формат хранения данных, в виде множества крохотных файлов перерасхода дискового пространства за счет эффекта «свободных хвостиков»+»рыхлости» ХТМЛ файлов?
При любой нормально файловой системе (т.е. отличной от FAT16) не вызовет.
>Может быть, надо хранить все файлы в архиве и только при обращение вытаскивать их оттуда.
Внимательно прочитай мой исходный постинг. Это именно то, что я описывал как "непополняемую" систему.